Dockamon – PyRx مجموعه‌ای کامل از نرم‌افزارهای داکینگ مولکولی، غربالگری مجازی و امتیازدهی لیگاندها.. داکامون – پی‌آر‌ایکس یک بسته نرم‌افزاری طراحی دارو مبتنی بر ساختار است که شامل دو برنامه نرم‌افزاری یکپارچه است. پی‌آر‌ایکس و داکامون نرم‌افزارهای مکمل هستند که ابزارهای قدرتمندی برای طراحی دارو مبتنی بر ساختار ارائه می‌دهند. نرم‌افزار پی‌آر‌ایکس را می‌توان برای آماده‌سازی ساختارها و انجام داکینگ مولکولی با استفاده از آتوداک و آتوداک وینا استفاده کرد. نتایج آزمایش داکینگ را می‌توان مستقیماً در نرم‌افزار داکامون باز کرد.
نرم‌افزار داکامون برای امتیازدهی به حالت‌های داک شده لیگاندها با استفاده از توابع امتیازدهی یادگیری ماشین استفاده می‌شود. نشان داده شده است که توابع امتیازدهی یادگیری ماشین در ادبیات دارای توانایی برتری در تخمین فعالیت نسبت به توابع امتیازدهی کلاسیک هستند. به عنوان مثال، تابع امتیازدهی RF-Score V2 که در داکامون پیاده‌سازی شده است، دارای مقدار Rp برابر با 0.8 در مجموعه اصلی (آموزش دیده بر روی مجموعه تصفیه شده (v2020)) است که به طور قابل توجهی برتر از تابع امتیازدهی وینا است.
امکانات و ویژگی های نرم افزار Dockamon – PyRx
- داکینگ مولکولی: انجام داکینگ مولکولی با استفاده از نرم‌افزارهای آتوداک و آتوداک وینا.
- غربالگری مجازی: انجام داکینگ بر روی مجموعه داده‌ها به صورت خودکار، تجزیه و تحلیل و خروجی راحت نتایج.
- آماده‌سازی لیگاندها: انجام بهینه‌سازی انرژی بر روی لیگاندها و تبدیل آن‌ها به فرمت PDBQT.
- سایر ویژگی‌ها: سایر عملکردهای مفید، از جمله مشاهده‌گر مولکولی سه‌بعدی و شناسایی ترکیبات مشابه در پایگاه داده پابکم.
- امتیازدهی لیگاندها: امتیازدهی به حالت‌های داک شده لیگاندها با استفاده از تابع امتیازدهی یادگیری ماشین، از جمله RF-Score V2 و SVM-Score.
- امتیازدهی اجماع: ترکیب امتیازها از بیش از یک تابع امتیازدهی برای دستیابی به پیش‌بینی‌های بهتر.
- برهم‌کنش‌های پروتئین-لیگاند: تجسم تعاملی دو بعدی و سه‌بعدی با کیفیت انتشار برهم‌کنش‌های پروتئین-لیگاند. گزینه‌های تعامل قابل تنظیم.
- آماده‌سازی پروتئین و لیگاند: آماده‌سازی ساختارهای پروتئین و لیگاندها برای داکینگ، امتیازدهی یا سایر وظایف مدل‌سازی مولکولی.
- فیلترینگ و تطبیق زیرساختار: جستجوی زیرساختار الگوهای SMARTS و SMILES، فیلترینگ عددی و متنی داده‌ها.
سیستم مورد نیاز
Minimum Requirements
Internet Connection: Cable or DSL
Operating System: Windows® 10 (latest Service Pack), 64-bit version
Computer Processor: CPU with SSE2 support, 2 cores
Computer Memory: 4 GB
Screen Resolution: 1024×768 pixels
Graphics: OpenGL 3.2
Recommended Hardware
Internet Connection: Broadband internet connection
Operating System: Windows® 11 64-bit (latest Service Pack), 64-bit version
Computer Processor: CPU with SSE2 support, 8 cores
Computer Memory: 8 GB or more
Screen Resolution: 1920×1080 pixels
Graphics: OpenGL 4.6
تصاویر
راهنمای نصب
بدون نیاز به کرک. فایل نصبی را اجرا کنید.
لینک دانلود
حجم فایل
572 مگابایت
